تعتبر المياه السطحية والجوفية المصدر الرئيسي والأول للأغراض الزراعية ومياه الشرب.  أما المصدر الثاني للمياه فهو السيول الموسمية التي تتدفق أثناء هطول الأمطار وتستخدم للأغراض الزراعية فيما يعرف بنظام الري المطري غير إن هذا المصدر يستخدم في حدود ضيقة لندرة الأمطار.

أما المياه الجوفية فتتواجد في ثلاث طبقات كل طبقة تشكل خزان مائي حيث يتواجد الخزان الأول على طبقة الحجر الجيري ويسمى بالخزان السطحي , والتي تتميز مياهه بالملوحة (1.5 -  7.5 مليموز/سم) ويقع بين عمق 15 و 75 متر ويتواجد أعلى تركيز للملوحة في الشريط الأوسط وضفاف المجرى الرئيسي لوادي حضرموت وتقل حدتها باتجاه الروافد الجنوبية من الوادي باستثناء المنطقة الواقعة بين حوطة سلطانة وتاربة. أما الخزان الثاني فيقع على طبقة الكونجلوميرات بين عمق 70 - 115 متر وتتميز مياهه بأنها متوسطة الملوحة بين (1.25- 5) مليموز/سم  أما الخزان الثالث فيقع على طبقة الحجر الرملي على عمق 115 - 330 متر وتتميز مياهه بنوعية جيدة اقل من 1.5 مليموز/سم.